Molekyylibiologian ja bioinformatiikan kansainväliset tutkimusinfrastruktuuripalvelut edistävät koronatutkimusta

COVID-19-taudin taltuttamiseen ja koronapandemian vaikutusten hoitoon sekä hallintaan haetaan kuumeisesti ratkaisuja tieteen ja tutkimuksen keinoin. Tämä edellyttää myös toimivia tutkimusinfrastruktuureja: välineitä, laitteistoja, tietoverkkoja, tietokantoja ja avoimia aineistoja sekä palveluita, jotka mahdollistavat tutkimustyön ja edistävät tutkimusyhteistyötä.

Koronavirusepidemia on osoittanut, miten tutkimusinfrastruktuurien pitkäjänteisen kehittämisen kautta saavutettu kansainvälinen ja kansallinen toimintavalmius yhdistettynä osaavaan henkilöstöön mahdollistavat reagoinnin myös yllättävissä poikkeustilanteissa. Suomen Akatemian rahoittamilla tutkimusinfrastruktuureilla onkin merkittävä rooli osana tiedeyhteisön ponnisteluja SARS-CoV-2-viruksen ominaisuuksien ja epidemian vaikutusten tutkimuksessa.

Millä tavoin tutkimusinfrastruktuureja on koronapandemian aikana hyödynnetty ja kuinka niitä on tarkoitus jatkossa hyödyntää? Akatemian juttusarjassa aihetta avataan eri alojen näkökulmasta.

Molekyylibiologian ja bioinformatiikan kansainväliset tutkimusinfrastruktuuripalvelut edistävät koronatutkimusta

Euroopan molekyylibiologian laboratorio (EMBL) on vuonna 1974 perustettu kansainvälinen tutkimusorganisaatio. EMBL:ssä tehdään biologista perustutkimusta molekyyleistä organismien tasolle asti sekä kehitetään alalle uusia tutkimusmenetelmiä ja instrumentteja. Laboratorio edistää Euroopan valtioiden välistä yhteistyötä molekyylibiologian menetelmiin perustuvien tieteenalojen tutkimuksessa sekä tutkimusinfrastruktuurien kehittämisessä ja tutkijakoulutuksessa.

EMBL:iä hallinnoi ja rahoittaa tällä hetkellä 27 jäsenvaltiota. Tutkimusorganisaation päälaboratorio sijaitsee Heidelbergissä Saksassa. Suomi on kuulunut organisaatioon vuodesta 1984 lähtien. EMBL on yksi kansainvälisistä tutkimusinfrastruktuureista, joissa Suomi on jäsenenä ja joita Suomen Akatemia rahoittaa.

Koronapandemiaan liittyvässä tutkimuksessa EMBL:n tutkimusinfrastruktuureilla on ollut keskeinen rooli: organisaatio on osallistunut huhtikuussa avatun COVID-19-dataportaalin rakentamiseen. Portaali mahdollistaa kansallisten virustietokeskusten perustamisen ja virusgenomisekvenssitietojen koordinoinnin kaikkialla Euroopassa sekä myös maailmanlaajuisesti.

EMBL:in tutkimusorganisaatioon kuuluva, bioinformatiikan palveluihin ja tutkimukseen keskittynyt European Bioinformatics Institute (EBI) on puolestaan kehittänyt ohjelmistoa COVID-19-taudin liitännäissairauksien riskien arviointiin. Ohjelmisto hyödyntää kaikkia kansallisesti saatavilla olevia terveystietoja, ja sen odotetaan soveltuvan jopa 100 miljoonan ihmisen tietojen skaalaamiseen.

Lisäksi EMBL on avannut koronavirustutkimukseen liittyvien nopeiden testien tekemistä varten useita tutkimusalustojaan eri laboratorioissa. EMBL:n kautta tarjolla on myös johtavien tutkimusryhmien tuottamia tartuntaepidemiologisia analyysejä, joita voidaan täydentää kansallisilla ja alueellisilla tiedoilla.

Suomen molekyylilääketieteen instituutissa (FIMM) on tehty tutkimusyhteistyötä koronatutkimuksessa erityisesti EBI:n kanssa. FIMM on osa Nordic EMBL Partnership for Molecular Medicine -yhteistyöverkostoa.

FIMM on mukana kansainvälisessä COVID-19 Host Genetics Initiative -hankkeessa, jossa kerätään tietoa koronavirusinfektion saaneiden ihmisten perintötekijöistä ympäri maailmaa. Hankkeen tarkoituksena on tarjota tutkimuspalvelutukea ja resursseja koronaviruksen geneettisen tutkimuksen edistämiseksi. Lisäksi hanke tuottaa foorumin tutkimustoimien ja tietojen jakamiseen tiedeyhteisölle. Tähän työhön FIMM on osallistunut muun muassa fenotyyppistandardien määrittelyn kautta yhteistyössä European Genome-phenome Archiven (EGA) kanssa.

”Yleiseurooppalainen yhteistyö on nopeuttanut huomattavasti COVID-19-tutkimustiedon saatavuutta sekä omien tutkimushankkeidemme tarpeisiin että tutkijayhteisön käyttöön laajemmaltikin”, FIMM:n johtaja, genetiikan professori Mark Daly kiittelee.

Lue myös: Korkeatasoiset tutkimusinfrastruktuurit tukevat COVID-19-tutkimusta

• Suurteholaskennan supertietokoneista tukea koronatutkimukseen
• Tutkimusaineistojen avoimesta saatavuudesta ja tallentamisesta tulee huolehtia poikkeusaikanakin
• Kuvantamisteknologia tärkeä osa virustutkimusta: alan johtavaa osaamista löytyy Suomesta
• Virusvektorilaboratorio lähestyy koronapandemian taltuttamista geeninsiirtoteknologialla