Kuinka paljon läntisessä Afrikassa on antibioottiresistenttejä eli antibiooteille vastustuskykyisiä bakteereja ja miten niiden sekä ihmisten, eläinten ja ympäristön yhteisvaikutus näkyy? Tätä selvitetään professori Anu Kanteleen johtamassa Suomen Akatemian ja ulkoministeriön kehitystutkimuksen akatemiaohjelman konsortiossa eli hankekokonaisuudessa.

Afrikasta hankkeessa mukana ovat Benin, Burkina Faso ja Mali. Jokaisessa maassa on yhteistyökumppaneita ja suomalaiset maksavat myös osan afrikkalaisten tutkijoiden palkoista, mikä oli yksi rahoituksen saamisen edellytyksistä.

Antibioottiresistenssigeenien leviäminen bakteereissa on koko maailmaa koskeva ongelma. Suomessa asiat ovat melko hyvin, mutta erityisesti matkailijat tuovat näitä geenejä varsinkin Aasiasta. Afrikan osalta tiedetään paljon vähemmän, eikä siellä ole tarpeeksi aihepiirin osaamista tai resursseja tehdä tutkimusta. AMRIWA-konsortion koordinaattorilla, yliopistotutkija Kaisa Haukalla on Länsi-Afrikkaan pitkät yhteistyösuhteet, joista lähtikin konsortion kokoaminen. Myös Kantele on tehnyt Beninissä rokotetutkimusta.

Kolme näkökulmaa: lääketieteellinen, ympäristöllinen ja sosiologinen

Professori Marko Virran ja Anu Kanteleen osahankkeet selvittävät projektin mikrobiologista puolta, Kantele lääketieteellisestä ja Virta ympäristönäkökulmasta. Hankkeessa on myös yhteiskuntatieteilijöitä mukana, mikä on uudenlainen lähestymistapa. Akatemiatutkija Salla Sariolan johtama osahanke selvittää ihmisen toiminnan merkitystä antibioottiresistenssin leviämiseen. Osahankkeessa kerätään haastattelujen ja tarkkailun keinoin tietoa antibioottien käytöstä ja käytänteistä, jotka saattavat vaikuttaa antibioottiresistenssin leviämiseen. ”Hankkeessamme luomme uutta tietoa paikallisten yhteisöjen tarpeisiin. Ryhmämme on ollut Länsi-Afrikassa havainnoimassa. Mukana on ollut myös opiskelijoita. Näitä tuloksia analysoidaan parhaillaan”, kertoo Sariola.

”Konkreettinen tavoite on selvittää, kuinka paljon alueella on antibioottiresistenssiä. Tutkimme sitä etupäässä geenien kautta mutta selvitämme myös, mitkä bakteerit näitä geenejä kantavat. Meillä on niin sanottu One Health -näkökulma siihen, eli miten ihmisten, eläinten ja ympäristön terveys linkittyvät yhteen. Selvitämme, miten geenit siirtyvät näiden kolmen välillä. Perimmäisenä tavoitteena on selvittää, miten bakteerien geenit siirtyvät ihmiseen”, kertoo Haukka.

Bakteereja etsitään erityisesti ihmisten ja eläinten ulosteista. Monet niistä pahimmista bakteereista, jotka keräävät itseensä antibioottiresistenttejä geenejä, elävät suolistossa. Yksi tämän hankkeen tutkimuksen kohteista on selvittää, onko Länsi-Afrikassa omia paikallisia resistenssigeenejä vai ovatko ne samoja kuin muuallakin maailmassa. Muualla on havaittu, että samat bakteerit ja resistenssigeenit kiertävät ympäri maapalloa, jopa syrjäseuduille. Rikkaissa maissa on varaa hyvin kalliisiin antibiootteihin, joihin bakteereilla ei vielä ole resistenssiä, Afrikassa vain rikkailla.

Opiskelijat prosessoivat eläinten ulostenäytteitä laboratoriossa Malissa. Mukana myös suomalainen opiskelija Anniina Sarekoski. Maskeja oli käytettävä, koska näytteet haisivat pahalta. (Kuva: Kaisa Haukka)

Vesi levittää antibioottiresistenttejä geenejä

Ympäristönäkökulmasta tutkitaan erityisesti vettä, joka levittää antibioottiresistenttejä geenejä. Haukan mukaan tämä on valtava ongelma kaikissa kehitysmaissa. ”Sanitaatio on retuperällä ja ihmisten ulosteita joutuu joka puolella ympäristöön. Sitten saastunutta vettä saatetaan käyttää juomavetenä tai kasteluvetenä vihanneksille”, kertoo Haukka.

Konsortion sosiologinen osio tuo esille niitä rakenteita, joiden varassa ihmiset elävät. Erityisesti sanitaation puute on antibioottiresistenssin kannalta ongelma. Ihmiset vievät suolistossaan sairaaloista resistenttejä bakteereita kotikyliinsä, joista sanitaatio puuttuu. Kaupungeissa on vesivessoja, mutta jätevesiä ei puhdisteta, vaan ne menevät ojiin ja vastaaviin. Kaupunkien köyhemmillä alueilla ja maaseudulla ei välttämättä ole edes ulkohuusseja tai niitä ei haluta käyttää.

Sivelynäytteenotto käden bakteereista Aglamoudjodjin kylässä Beninissä. Näytteenottajana paikallinen opiskelija. (Kuva: Kaisa Haukka)

Vesi on yhdistävänä tekijänä myös maa- ja ruokanäytteissä. Pelloilla voidaan käyttää käsittelemättömiä ulosteita lannoitteina. Hankkeessa on otettu näytteitä myös sairaaloiden jätevesistä, joihin joutuu antibioottijäämiä. Tutkijat tekevät parhaillaan analyysiä niiden sisältämistä bakteerien resistenssigeeneistä.  

Vesinäytteenottoa kanaalista, joka virtaa Cotonoun pääkauppatorin halki. Sen toisella puolella on kaatopaikka, jonka päällä on asutusta. Kuvassa paikallisia tutkijoita ja opiskelijoita. (Kuva: Kaisa Haukka)

Yksittäinen hanke ei pysty valistamaan tavallisia kansalaisia, vaan se on paikallisten yhteistyökumppaneiden vastuulla. Tavoitteena on kuitenkin saada tietoa alan ministeriöihin kuten terveys- ja maatalousministeriöihin. Näin niiden suunnitellessa valistuskampanjoita niillä olisi tarvittava tietämys ja ne voisivat käyttää hankkeen asiantuntijoita hyväkseen. ”Me emme tällä tutkimuksella pysty ratkaisemaan näitä monisyisiä ongelmia, mutta voimme osoittaa kriittiset kohdat”, korostaa Haukka.

Bakteeritaudeistakin voi tulla pandemia

Korona on aiheuttanut hankkeessa ongelmia. Sariolan ryhmä ehti olla yhteensä noin yhdeksän kuukautta paikalla. Aineiston tutkimista jatkettiin Suomessa. Vesi- ja muut näytteet ovat tällä hetkellä Suomessa analysoitavana, mutta afrikkalaiset tutkijat eivät ole pystyneet tähän vaiheeseen osallistumaan, koska koronaepidemia esti heidän saapumisensa Suomeen keväällä.

Bakteeritaudeistakin voi tulla pandemia, mutta ne eivät leviä niin nopeasti kuin virukset. Rutto ja tuberkuloosi ovat bakteeritauteja, jotka on antibiooteilla saatu kuriin. Tosin tuberkuloosi tappaa edelleen miljoonia ihmisiä, koska monilla alueilla siitä on tullut antibiooteille vastustuskykyinen. Haukan mukaan lähitulevaisuudessa esimerkiksi virtsatietulehduksen aiheuttava bakteeri voi aiheuttaa pandemian, koska myös siitä on monesti tullut antibioottiresistentti.

Anu Kantele ja Kaisa Haukka beniniläisten opiskelijoiden kanssa Grand Popossa, Beninissä. (Kuva: Victorien Dougnon) 

Tämä kehitystutkimuksen akatemiahanke on jo poikinut jatkoprojekteja: Haukka on saanut miljoonan euron EU-rahoituksen hankkeelle, joka kouluttaa opiskelijoille DNA:n käsittelytaitoja ja bioinformatiikkaa Beninissä ja Burkina Fasossa. Myös pienempiä rahoituksia on saatu.

Teksti: Leena Vähäkylä
Kuvat: Kaisa Haukka ja Victorien Dougnon