Päättyneet akatemiaohjelmat
- 1990-luvun talouskriisi -tutkimusohjelma, LAMA (1998-2001)
- Akvaattisten luonnonvarojen kestävä hallinta, AKVA (2012-2016)
- Arktinen akatemiaohjelma, ARKTIKO (2014-2020)
- Asumisen tulevaisuus ASU-LIVE (2011-2015)
- Avaruustutkimusohjelma, ANTARES (2001-2004)
- Biodiversiteettitutkimusohjelma, FIBRE (1997-2002)
- Biologisten funktioiden tutkimusohjelma, Life 2000 (2000-2003)
- Ekologisen rakentamisen tutkimusohjelma, EKORA (1995-1999)
- Elektroniikan materiaalit ja mikrosysteemit -tutkimusohjelma, EMMA (1999-2002)
- Fotoniikka ja modernit kuvantamismenetelmät (2010-2013)
- Geenitutkimuksen ohjelma, GEENI (1994-2000)
- Globaalimuutoksen tutkimusohjelma, FIGARE (1999-2002)
- Ihmisen mieli, MIND (2013-2016)
- Ikääntymisen tutkimusohjelma (2000-2002)
- Ilmakehän muutosten tutkimusohjelma, SILMU (1990-1995)
- Ilmastonmuutos – vaikutukset ja hallinta, FICCA (2011-2014)
- Itämeri-tutkimusohjelma, BIREME (2003-2005)
- Jokapaikan tietotekniikka ja monimuotoinen viestintä, MOTIVE (2009-2012)
- Kahden puolen Pohjanlahtea / Svenskt i Finland - finskt i Sverige -tutkimusohjelma (2000-2003)
- Kalatalouden tutkimusohjelma (1994-1998)
- Kansanterveyden haasteet -tutkimusohjelma, SALVE (2009-2012)
- Kaupunkitutkimusohjelma, URBS (1998-2001)
- Kestävä energia, SusEn (2008-2011)
- Kestävä tuotanto ja tuotteet, KETJU (2006-2013)
- Koulutuksen vaikuttavuus (1994-1998)
- Laskennalliset tieteet, LASTU (2010-2016)
- Lasten ja nuorten hyvinvointi ja terveys, SKIDI-KIDS (2010-2015)
- Life as Learning -tutkimusohjelma, LEARN (2002-2006)
- Liiketoimintaosaamisen tutkimusohjelma, LIIKE2 (2006-2009)
- Luonnonvarojen kestävä käyttö, SUNARE (2001-2004)
- Maaseudun taloudellinen sopeutuminen (1994-1998)
- Matemaattisten menetelmien ja mallien kehittäminen eri tieteenaloille, MaDaMe (2000-2003)
- Materiaali- ja rakennetutkimusohjelma, MATRA (1994-2000)
- Mediakulttuurin tutkimusohjelma, MEDIA (1999-2002)
- Metsämaan biologia (1994-1997)
- Metsäalan tutkimusohjelma, WOOD WISDOM (1998-2001)
- Mikrobit ja ihminen -tutkimusohjelma, MICMAN (2003-2005)
- Mineraalivarat ja korvaavat materiaalit, MISU (2014-2021)
- Molekyyliepidemiologian ja molekyylievoluution tutkimusohjelma (1997-1999)
- Muuntogeenisten organismien ympäristö-, yhteiskunta- ja terveysvaikutukset, ESGEMO (2004-2007)
- Muuttuva Venäjä -tutkimusohjelma (2004-2007)
- Ohjelmoitavat materiaalit, OMA (2012-2016)
- Nanotieteen tutkimusohjelma, FinNano (2006-2010)
- Neurotieteen tutkimusohjelma, NEURO (2005-2009)
- Proaktiivinen tietotekniikka -tutkimusohjelma, PROACT (2002-2005)
- Prosessiteknologian tutkimusohjelma, PROTEK (1999-2002)
- Puun materiaalitieteen tutkimusohjelma (2003-2006)
- Päihteet ja addiktio, ADDIKTIO (2007-2010)
- Rakennebiologian tutkimusohjelma, RAKBIO (2000-2002)
- Ravitsemus, elintarvikkeet ja terveys, ELVIRA (2007-2014)
- Solubiologian tutkimusohjelma, SOLU (1998-2001)
- Sosiaalinen pääoma ja luottamusverkostot -tutkimusohjelma, SOCA (2004-2007)
- Suomalaiset yritykset ja globaalin kilpailun haasteet, LIIKE (2001-2004)
- Suomalaisten matematiikan ja luonnontieteiden osaaminen 2002, MALU 2002 (1998-2000)
- Synteettinen biologia, FinSynBio (2013 – 2019)
- Syrjäytyminen, eriarvoisuus ja etniset suhteet Suomessa, SYREENI (2000-2003)
- Systeemibiologia ja bioinformatiikka -tutkimusohjelma, SYSBIO (2004-2007)
- Säteilyilmaisimet terveyden ja turvallisuuden edistämiseksi, RADDESS (2018-2022)
- Tekoälyn uudet sovellukset fysikaalisten tieteiden ja tekniikan tutkimuksessa, AIPSE (2018-2021)
- Teollinen muotoilu -tutkimusohjelma (2004-2007)
- Terveydenhuoltotutkimuksen tutkimusohjelma, TERTTU (2004-2007)
- Terveyden edistämisen tutkimusohjelma, TERVE (2001-2004)
- Terveyttä kohorteista ja biopankeista, COHORT (2017-2020)
- Tiedon tutkimusohjelma (1996-2001)
- Tieteen ja tiedepolitiikan -tutkimusohjelma (1997-1999)
- Tietoliikenne-elektroniikkatutkimusohjelma, TELECTRONICS I (1998-2000)
- Tietoliikenne-elektroniikkatutkimusohjelma, TELECTRONICS II (2001-2003)
- Tietotekniikan soveltaminen kone-, rakennus- ja automaatiotekniikkaan -tutkimusohjelma, KITARA (2005-2009)
- Tulevaisuuden elektroniikka -tutkimusohjelma, TULE (2004-2006)
- Tulevaisuuden oppiminen ja osaaminen, TULOS (2014-2020)
- Tulevaisuuden kone- ja valmistustekniikan tutkimusohjelma, TUKEVA (2000-2003)
- Työn ja hyvinvoinnin tulevaisuus, WORK (2008-2011)
- Uusi energia (2015-2020)
- Valta Suomessa -tutkimusohjelma, VALTA (2007-2010)
- Venäjän ja Itä-Euroopan tutkimusohjelma (1995-2000)
- Väestöryhmien väliset terveys- ja hyvinvointierot, TERO (1998-2000)
- Ympäristö ja oikeus -tutkimusohjelman, ENVLAW (2005-2008)
- Ympäristön kunnostuksen tutkimusohjelma, RESTORE 2000 (1996-1999)
- Ympäristöterveyden tutkimusohjelma, SYTTY (1998-2001)